問：「本性住種」與「新熏種子」如何共同運作？

答：根據唯識宗的教理，「本性住種」（先天本有的無漏種子）與「新熏種子」（後天修持熏習而成的無漏種子）在修行與成佛的過程中，呈現一種互補並進、以新熏引發本有的共同運作機制。兩者攜手合作，才能完成生命底層的「轉依」與「種子置換」工程。

具體的共同運作機制如下：

一、 本性住種提供成佛的「親因緣」（如金礦） 「本性住種」是眾生無始以來依附於阿賴耶識中，法爾天然具備的無漏法因。它提供了成佛必不可少的實體潛能與直接原因（親因緣）。如果阿賴耶識中沒有這份先天的無漏種子，無論經歷多久的修行與熏習，也絕對無法成佛，就如同泥土中先天沒有金礦，永遠煉不出黃金一樣。

二、 新熏種子提供喚醒的「增上緣」（如催化劑） 雖然眾生具備了本性住種，但這些先天的無漏種子初期通常處於潛伏或相對微弱的狀態。修行者必須透過後天聽聞正法、思維觀察（如理作意）、持誦清淨名言（真言）等修持，在阿賴耶識中不斷「熏習」出新的清淨力量，這便是「新熏種子」。這些新熏的清淨力量會作為極強大的「增上緣」，去震動、滋潤並催化深層潛伏的本有無漏種子。

三、 以新熏引發本有，共同生起「現行」 唯識學強調「種子生現行，現行熏種子」的同時因果力學。新熏的種子與本性住種共同作用，當新熏的清淨力量足夠強大時，就能令潛伏的本有大乘種子勢力增長，並速疾生起「現行」（發揮真實的清淨功用與堅固的菩提大心）。若無內在的本有種子，雖久熏也不會發心；若無外在的強緣熏習，本有種子也難以自行覺醒。

四、 共同完成「種子置換」與「究竟轉依」 在邁向成佛的道諦中，本有與新熏這兩類無漏種子會匯聚成強大的清淨勢力。透過不斷地生起現行，這股無漏力量會去排擠並替換阿賴耶識中原有的「有漏種子」（煩惱障與所知障的染污種子）。這場種子置換的實體工程會持續進行，直到修行者進入「金剛喻定」時，強大的無漏智火會將極微細的二障種子頓時斷盡，並將有漏的異熟識徹底頓捨，轉變為純淨無漏的「無垢識」與四智心品，從而圓滿成就佛果。

總結來說，本性住種是成佛不可或缺的先天實體基因，而新熏種子則是後天激活並培育這份基因的強大外緣與養分。兩者缺一不可，共同發起清淨的動能，最終將阿賴耶識內的雜染編碼徹底置換為清淨無漏的佛智。