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附錄五：全書總目與造論後記
科判總序：
甲八、 全書總目錄（科判綱要）
乙一、 正宗分（釋根本中論二十七品）
卷一至卷十四
乙二、 附錄別論分（方法、外道、修證、名相）
卷十五至卷十八
甲九、 造論後記（編纂旨趣與宗派會通）
乙一、 會通中觀與唯識之深意
乙二、 辯證自立與歸謬之互補
乙三、 結勸流通
甲八、 全書總目錄（科判綱要）
【卷一】 造論緣起與觀因緣品第一（上）
內容： 歸敬序、八不緣起總綱。
重點： 破四生（自、他、共、無因）。依《般若燈論》建立「無生」之量，依《順中論》顯緣起即寂滅。
【卷二】 觀去來品第二 與 觀六情品第三
內容： 破運動（去來）與感知（根境）。
重點： 三時無去（已、未、去時），離見無見者。依《大乘中觀釋論》破能所雙亡。
【卷三】 觀五陰品第四 與 觀六種品第五
內容： 破五蘊身心與六界（地水火風空識）。
重點： 色因與色不一不異。空無相，相與可相（特徵與實體）互不成立。
【卷四】 觀染染者品第六 與 觀三相品第七
內容： 破煩惱主體與有為法三相（生住滅）。
重點： 染法與染者相待假立，無先後、同時。破「生生」無窮過，燈喻之辯證。
【卷五】 觀作作者品第八 與 觀本住品第九
內容： 破造業主體與受用主體（神我）。
重點： 決定有、決定無皆不成作。破除「離根塵先有本住」之神我執。
【卷六】 觀燃可燃品第十 與 觀本際品第十一
內容： 薪火喻破受者，破輪迴始終。
重點： 燃可燃非一非異。生死無際（無始無終），中亦不可得。
【卷七】 觀苦品第十二 與 觀行品第十三
內容： 破苦之四種來源，破有為行之變異。
重點： 苦不自作、不他作。諸法無自性故有變異，若有定性則常住。警示惡取空。
【卷八】 觀合品第十四 與 觀有無品第十五
內容： 破法與法之和合，破自性與他性。
重點： 異相不成故無合。緣起故無自性（有無品為全論哲學核心）。
【卷九】 觀縛解品第十六 與 觀業品第十七
內容： 破生死涅槃實體，破業果實體。
重點： 眾生與諸行皆不縛不解。業如幻化，性空故果報不失（破不失法）。
【卷十】 觀法品第十八 與 觀時品第十九
內容： 顯諸法實相，破時間實有。
重點： 「實相」之定義（無戲論、無分別）。我與無我皆是說法方便。三時相待無性。
【卷十一】 觀因果品第二十 與 觀成壞品第二十一
內容： 破因果實有，破成壞（生滅）。
重點： 因中果有無皆不成。成壞相違，不應同時；離則無因。
【卷十二】 觀如來品第二十二 與 觀顛倒品第二十三
內容： 破佛身實有，破煩惱根本（顛倒）。
重點： 五求破如來，如來性即世間性。淨不淨相待，四顛倒無依。
【卷十三】 觀四諦品第二十四 與 觀涅槃品第二十五
內容： 顯二諦中道，顯涅槃寂滅。
重點： 「以有空義故，一切法得成」。生死即涅槃，無毫釐差別。
【卷十四】 觀十二因緣品第二十六 與 觀邪見品第二十七
內容： 顯流轉還滅緣起，總破六十二見。
重點： 無明緣行之世俗機制。依過去未來起常斷見皆空。
【卷十五】 附錄一：觀論證方便品
內容： 辯自立量與歸謬，辯二諦體性。
重點： 清辨之「因明自立」與佛護之「歸謬」比較。安慧之「唯識破境」在中觀的應用。
【卷十六】 附錄二：觀外道執品
內容： 破神我、大自在天、極微。
重點： 依《廣百論》與《順中論》詳破數論、勝論之根本執。
【卷十七】 附錄三：觀修道次第品
內容： 從見入行，福慧雙運。
重點： 七相推求修人無我，四門不生修法無我。如夢如幻之觀修。
【卷十八】 附錄四：觀名相釋義品
內容： 中觀辭典。
重點： 八不、四緣、五求、七相、二諦、實相之精確定義。
甲九、 造論後記（編纂旨趣與宗派會通）
【論曰】
夫佛法大海，信為能入，智為能度。龍樹大士《中論》，誠為智慧之眼目，諸宗之共祖。然弘傳既久，流派分歧，學者每執一端，互相是非。
今編纂《中觀正理廣論》，採擷青目、清辨（分別明）、安慧、無著、護法五大論師之釋，非為雜湊，實有深意。
乙一、 會通中觀與唯識之深意
世傳「空中」與「唯識」如水火不容，然依本論所據之底本，實可會通：
破執目標一致：
《中論》（青目釋）主破「自性見」（實有執）。
《廣百論釋論》（護法釋）雖立「唯識」，其矛頭主要指向「外道實我實法」（如極微、神我）。護法菩薩云：「未達境唯心，起二種分別；達境唯心已，分別亦不生。」此與中觀破「能取所取」之意趣，異曲同工。
二諦相資：
《大乘中觀釋論》（安慧釋）善巧運用「世俗諦」建立因果。安慧指出，在勝義中雖一切皆空，但在世俗中，識心如幻生起，不墮斷滅。此正補足了部分中觀學者容易落入「惡取空」之弊。
安慧云：「勝義諦中，諸法自性皆無體故……如是亦非謗無因果。」
順中論之融攝：
無著菩薩之 《順中論》，本身即是瑜伽行派祖師對《中論》的詮釋。其「順」字，即順於般若，亦順於深密。書中多引《阿含》以證緣起，顯示了初期大乘對於聲聞教法的尊重與轉化。
乙二、 辯證自立與歸謬之互補
清辨之自立量（Svatantrika）： 在 《般若燈論釋》 中，清辨強調面對外道時，必須建立嚴謹的邏輯量式（三支作法）。這對於折伏崇尚邏輯的外道（如正理派、勝論派）極為有效。
青目之歸謬（Prasangika）： 《中論》 青目釋則多用歸謬，直接指出敵者觀點的內在矛盾。
本論立場： 內修觀行時，歸謬法（直指無生）最為利落；對外摧邪時，自立量（因明）最為堅固。二者如金剛劍之雙刃，不可偏廢。
乙三、 結勸流通
「以此為燈」 者，非以文字為燈，乃以文字所指之「正理」為燈。
願諸讀者，不滯於文，不迷於宗派門戶。
見清辨之辯才，當思破除邪執之勇猛；
見安慧、護法之細密，當思安立世俗之慈悲；
見青目、無著之直截，當思直契實相之頓悟。
彙五論之精華，歸一味之空性。
以此功德，迴向法界。
願正法久住，眾生離苦。