《解深密經疏》，總共有四十卷。除以玄奘三藏所翻譯為主外，兼及菩提流支、真諦三藏所翻本，所引諸家之言大略有：彌勒、龍樹、世親、景師、光統、護法、玄奘、真諦、長耳、羅什、清辨、親光、菩提流支、曇無讖、求那跋陀羅等師義。又分述諸內外部義，如：薩婆多部、經部、大眾部、一說部、說出世部、雞胤部、多聞部、法密部、數論派、勝論派等。
而真諦三藏現今消散之著作，如：《金光明記》、《解節經疏》、《部執論記》、《金剛般若記》、《七事記》、《九識章》、《中邊論記》、《攝論記》等，亦所提及法義以旁徵。
本疏文斷句版，與一般現行版本不同之處，為每句做疏文、斷句， 方便學人能夠深入佛法大海，而不致誤解唯識學。
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問：玄奘三藏所翻《大般若經》並未說三性，顯見三性說非般若所說。
問：無著菩薩並未認可世親菩薩的唯識學，可見唯識學並非瑜伽行派的正宗。
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《成佛正因》本有性無漏種名為佛性，第八識有漏無漏皆非成佛正因義
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《成佛正因》真如非有為法種，真如能生有為法者，違第一無常法為因義
