二、解論名，採取了當時神泰、文備、文軌、靖邁四家之說，加上他自己的見解，一共五釋，未予軒輊。但據其最後所解，以正理指陳那的著作(特別是《理門論》)而言，似乎更為當理。本段末尾還解說了本論作者商羯羅主得名的由來，可惜未詳其身世。
三、明妨難，解釋對於因明這一名稱的七種疑難，大都是當時存在的異論。
本疏解釋論文，大分兩段：第一大段解釋論首總標綱領的攝頌以及隨後詳解的長行，第二大段解釋論末顯略指廣的結頌。首段解釋攝頌中對於所標出的八門(也就是八義：真似能立、真似能破、真似現量和比量)二益(也就是二悟：自悟、悟他)，都有簡明扼要的說明，如說真能立是三支具足而且一無過失，真能破有顯過和立量的不同，真現量是定心或散心之照符前境、明局自體，真比量是以共許因成立未許宗能生決定智等，無一非精粹之談。隨後還推論
到瑜伽學系論書解說這些義門的沿革。
其次解釋本論長行。因為本論結構還是依據《理門論》以立破為綱，故在真似能立之後接著就說真似二量(這是視二量為能立的工具，所以這樣安排)，再說真似能破，一共六段，和攝頌的順序不同。譔者體會這樣的精神，在釋文裡也就偏詳於立破。他解釋真能立的一部分有不少精到的見解。如解三支比量的宗支處(本疏卷二初)，指出宗依(構成宗支的主詞即"有法"和賓詞即"能別"兩個部分)與宗體(由能別解釋有法所得的整個意義)之應嚴加區別。又宗體在四種悉檀(即普遍的、自宗的、旁推的、隨意的)裡應取第四隨自意樂而建立，不受拘束。又解因支處(本疏卷二末)指出因有啟發作用的生因和了解作用的了因，二者又各有言、義、智三方面(合成六因)，而就立量悟他來說，因支是應該以言生和智了二因為其實質的。
又解喻支處(本疏卷三)，辨析到異喻用在止濫(即遮止因法通於宗的對立面)，無妨用無體之法為喻依。由此再推到三支之有體，無體，應當互相適應(立有體的宗，因喻俱應有體，立無體宗則不拘，見本疏卷四)。這些議論雖在其他論書裡(如《廣百論釋》曾談到因法的有體無體等)，舊疏裡(如文軌的疏文曾談到宗依、宗體和四悉檀等)，已見其端倪，而作出徹底詳盡的發揮，則是此疏所獨有。
就在這些釋文裡，此疏也隨時糾正各家舊疏的錯誤。最顯著的例子，即是本論之解釋宗支，有一句譯文是"極成能別差別性故"(意謂宗是由於雙方共許的"能別"區別了……而成的)。
文軌等舊疏卻作"……差別為性"來解釋，這不但違反因明的軌轍，又還不懂中印語文的規律，貽誤學人，為害不淺，故譔者予以嚴厲的譴責而毫無寬假(見本疏卷二)。
其次，解釋似能立一部分。此分從本論的結構來看，可說是最大特點之所在。因為陳那的著作《理門》、《集量》等論書裡，雖已對於三支過失作了全面的說明，但文義比較散漫而隱晦，《入論》乃加以整理、明確，並有所補充(如宗過的後面四種)，於是釐然列出宗九過、因十四過、喻十過、而合成三十三過，又各各舉了確切的範例，使人一目瞭然，可謂極其精采(後人學習因明的，也從研習三十三過而入，可謂"思過半矣"之效)。基疏對這部分的解釋，盡了很大的努力，以篇幅言，幾佔現存全疏的一半(三卷有餘)。他為了明確刊定每一
種過失的特徵與其可能運用的範圍，作出種種的分析。如解各過，都舉出全分的，一分的兩類四句(此即以正面對自許、他許、共許而為三句，反面全非又為一句)，而刊定其是非(一、三句是過失，二、四句則不然)。另外又在各支過失可以兼備的方面，錯綜排列出所有的句式，以為真似的刊定。以宗過一類為例，九過互具，再加以全分、一分四句的分別，即可演繹出二千三百另四種句式(見本疏卷五)。這雖不免過於形式化，但從其可能性上，究極奧蘊，不得不說是基疏對於因明理論的一種發展。
即由於三支過失的刊定和所對而言者(自、他、共三方面)有關，基疏從這一點更推論到比量之運用於破他、自救，乃至於留防過地步等等，也可在三支上予加限制的言詞(如衹是自
宗承認的加"自許"，他宗承認的加"汝執"，兩家共認而非泛泛之談則加"勝義"或"真故"等)，提了出來，並不成為過失(在護法、清辨的著書裡，此例極多)，這樣就有了"自比量"、"他比量"、"共比量"的區別。又在共比量裡，還可擴大因支的範圍，加上自許或他許的部分，以成"自共比"或"他共比"，三支比量的運用乃益靈活而廣泛。基疏對於這些用法，一再透闢地闡明其意義，併舉出玄奘在印度時所立"唯識量"和改訂的勝軍"大乘是佛說"量來作為例子而詳加解釋，又對順瞋的反對唯識量作了批判(見本疏卷五、卷六)。基疏在這一方面的發展，對於當時的佛學講論、著述以及理解護法、清辨等論書，均有很大的實用意義。本疏原稿不全，只到解釋喻過的開端為止，以下十種喻過、真似二量、真似能破各段，都付缺如，這是很可惜的。
不過慧沼(650～714)依據本疏的精神，很好的替它補足了。特別是二量部分，疏文未及詳說的，還另寫了《二量章》收在《法苑義林章補缺》之內，極便於研究。慧沼這一部分補寫的疏文，後來單行，即題名《因明入正理論續疏》(因為有人曾將《續疏》刪成節本，後世也誤會為窺基原作略疏，其《續疏》不過是添加細注而已，參照內學院校刊本《因明入正理論續疏》卷末校記)。此外，文軌舊疏解釋似能破一段，曾引《理門論》中十四過類一段詳細解釋，也曾被後人誤認為窺基手筆，改題為《因明理門十四過類疏》，刊本單行。
本疏內容極其豐富，幾乎涉及因明全部的問題，因此通稱為《大疏》。其書一出，所餘同類章疏為之晦采，大半零落失傳。在慈恩宗內，奉本疏為圭臬，備致推崇，更不待言。像慧沼，除作了《續疏》而外，還撰有《入正理論義斷》三卷、《纂要》一卷，引申本疏之說。
其後，智周(668～723)更對本疏作了《略記》一卷、《前記》三卷、《後記》一卷(未全)，解釋益加詳細。又本疏從中唐時傳到日本後，講習極盛，著述亦多，其中還保存不少的唐人舊說足供研究。其流傳後世的主要著述，有善珠的《因明論疏明燈鈔》六卷、明詮的《因明大疏導》並《裡書》九卷、藏俊的《因明大疏鈔》四十一卷、良遍的《因明大疏私鈔》三卷。此外，還有鳳潭的《因明論疏瑞源記》八卷，徵引該博，解釋細緻，尤為風行。又本疏解釋因四相違過一段，素稱難解，日人對此也特別研究，另作注書，著名之作有真興的《因明四相違略私記》二卷、源信的《因明論疏四相違略註釋》三卷等。
---【中國佛教(中國佛教協會編)】
後註：
良遍的《因明大疏私鈔》三卷，應當為九卷，見《大日本佛教全書》。
線上請書，您還可以到：
漢語佛典系列：
推薦閱讀：
彌勒菩薩說：許心似二現，如是似貪等，或似於信等，無別染、善法等是何義？唯識與中觀有何不同見解？
關於唯識宗安慧、圓測、起信論爭議，兼說在家居士能否領導僧團一點意見
問：玄奘三藏所翻《大般若經》並未說三性，顯見三性說非般若所說。
問：無著菩薩並未認可世親菩薩的唯識學，可見唯識學並非瑜伽行派的正宗。
菩薩行系列：
菩薩行系列 W003 《成佛正因》-真如、佛性、第八識、無漏種諸義辨正
唯識宗：
A051. 《攝大乘論釋》世親菩薩釋 陳天竺三藏真諦譯 新編
A052. 《攝大乘論釋》世親菩薩造 三藏法師玄奘奉詔譯 新編
A053.《攝大乘論釋》無性菩薩造 三藏法師玄奘奉詔譯 新編
天台宗：
天台智者大師全集 B021《釋摩訶般若波羅蜜經覺意三昧》新編
漢語中觀宗：
相關閱讀：
《大乘法苑義林章》疏文勘註：
《成佛正因》：
菩薩行系列 W003 《成佛正因》-真如、佛性、第八識、無漏種諸義辨正
《成佛正因》第一義空真如但為一切有情依因，阿賴耶識非迷悟依義
《成佛正因》本有性無漏種名為佛性，第八識有漏無漏皆非成佛正因義
《成佛正因》一切眾生中同有真如，共一正因者，即是同數論外道義
《成佛正因》真如非有為法種，真如能生有為法者，違第一無常法為因義
